Команда основана 1 декабря 2002 года. С июля 2003 года «Гелиос» выступал в группе «В» второй лиги чемпионата Украины. В первой лиге выступает с 2005 года.
Домашний стадион — «Гелиос-Арена» (2000 зрителей). Цвета клуба — красно-чёрные.
Уже во втором для себя сезоне в профессиональном футболе «Гелиос» сумел добиться успеха. Команда играла в группе «В» второй лиги. Со старта харьковчане выиграли 15 матчей подряд. Пропуск в первую лигу «Гелиос» получил за три тура до завершения первенства. По итогам сезона команда одержала 25 побед при двух ничьих и одном поражении, набрав 77 очков. Эти показатели были наилучшими во всех трёх группах второй лиги. За 28 матчей команда забила 68 голов.
В первом дивизионе «Гелиос» выступает шестой год. Лучшее достижение – 7 место в сезоне 2006-07.
Прошлый чемпионат харьковчане вряд ли могут записать себе в актив. Лишь в последних турах «солнечным» удалось избежать 16-го места и плей-офф за сохранение прописки в дивизионе.
Летом в составе харьковчан произошла серьезная ротация. Клуб пополнили 10 новичков.
В этом сезоне «Гелиос» занимает 8-е место, набрав 26 очков за 18 игр. Перед его началом игрокам поставили задачу финишировать в пятерке, и футболисты в каждом матче пытается взять очки.