Клуб основан в 1958 году. Прежнее название «Авангард» (1958-1964 гг.).
В чемпионате Украины выступает с 1992 года. 3 сезона провела в высшей лиге, 10 во второй. В первом дивизионе выступает 8-й раз.
Клубные цвета желто-черные.
Матчи проводит на СОУ «Буковина» (12 000 зрителей).
В 1958 году в Черновцах была создана футбольная команда «Авангард». В том же году команда дебютировала в чемпионате Украины. 1960 год стал дебютным для черновицкой команды в классе «Б» чемпионата СССР.
«Буковина» дважды выигрывала чемпионат в своей группе второй лиги. Но в переходных турнирах команде не везло. Попасть в первую союзную лигу черновчанам удалось лишь в 1990 году. Последний советский чемпионат «Буковина» провела в первой лиге, заняв 5-е место.
Это позволило клубу в первом чемпионате Украины стартовать в группе «Б» Высшей лиги. Команда обыграла днепропетровский «Днепр», тернопольскую «Ниву», луцкую «Волынь». Сыграла вничью с киевским «Динамо». В своей группе «Буковина» заняла 6-е место. Сохранила команда прописку в элите и по итогам следующего чемпионата. Но клуб испытывал финансовые трудности. Черновцы стали покидать ключевые игроки, и в сезоне 1993/94 команда вылетела из Высшей лиги, заняв предпоследнее место.
В дебютном чемпионате в первом дивизионе «Буковина» стала 15-й. Уже в следующем году перед командой поставили задачу – вернуться в элиту. По итогам года клуб стал вторым. Но по регламенту того сезона лишь чемпион повышался в классе. Им стала полтавская «Ворскла».
Больше реальных шансов вернуться в элиту команда из Черновцов пока не имела. В сезоне 1998/99 «Буковина» и вовсе понизилась в классе. За один сезон команде удалось завоевать золотые медали второй лиги и вернуться в первую. Но в следующем чемпионате «Буковина» финишировала на последнем месте.
Лишь спустя девять лет, в позапрошлом сезоне, «Буковина» выиграла свою группу второй лиги и вновь получила право играть в первой. В новом дивизионе команда начала «с места в карьер». Клуб закрепился среди лидеров чемпионата. В нынешнем сезоне «Буковина» также показывает неплохие результаты. Команда занимает 6 место в турнирной таблице, набрав 26 пунктов.