Команда основана в 1958 году. Прежние названия: 1958—1979 «Локомотив», 1979—1999 «Нива», 1999—2003 ФК «Винница», 2003—2006 «Нива», 2006—2008 «Нива-Свитанок», с 8 июля 2008 года ПФК «Нива» Винница.
В чемпионатах Украины участвует с 1992 года. В высшей лиге провела 5 сезонов, во второй 3, в первой 11-й сезон.
Домашние матчи проводит на стадионах СК «Нива» (3800 мест) и «Центральный городской стадион» (24 000).
Два сезона (1990 и 1991 г.) «Нива» выступала в буферной (западной) зоне второй лиги чемпионата СССР, где дважды заняла 5 место. Это позволило винничанам в первом чемпионате независимой Украины стартовать среди команд высшей лиги. Наивысшее достижение в высшей лиге — 10-е место в сезоне 1993-94 гг.
В сезоне 1995-96 «Нива» добралась до финала кубка Украины. На пути к главному матчу розыгрыша винничане переиграли одноклубников из Тернополя и донецкий «Шахтер». В финале «Нива» уступила киевскому «Динамо», но завоевала право представлять Украину в Европе. Осенью винничане стартовали в розыгрыше Кубка обладателей Кубков. В квалификации в соперники «Ниве» жребий выбрал эстонский «Саддам». В первом матче в Таллине эстонцы выиграли 2:1. В Виннице успех праздновала «Нива» — 1:0.
Соперником в 1/16 финала стал швейцарский «Сьон». Со швейцарцами «Нива» сыграла собрано, имела множество моментов, что вовсе не сказалось на результате. В итоге 0:2 в Швейцарии и 0:4 в родных стенах.
Уже в следующем году «Нива» заняла последнее место в чемпионате и вылетела в первую лигу, в которой выступала 8 сезонов подряд. Винничане несколько раз имели неплохие шансы вернуться в элиту. В сезоне 2004-2005 команда заняла 5-е место, а в следующем винничане снялись с соревнований из-за отсутствия денег.
В 2006 году команда на базе воспитанников собственной СДЮШОР возродилась под названием «Нива-Свитанок». В 2007 эта команда заявилась во вторую лигу чемпионата Украины.
В сезоне 2008/09 «Нива» заняла 3-е место, а в 2009/10 — уже второе. Повышение в классе серебро не давало. Но черниговская «Десна» не прошла лицензирование в ПФЛ и освободившееся место в первой лиге разыграли между вторыми командами групп второй лиги. На нейтральном поле «Нива» переиграли кременчугский «Кремень» — 2:0, и вышла в первую лигу.
В первой лиге «Нива» уже успела завоевать авторитет серьезного соперника, достаточно неплохо выступив в прошлом сезоне. Ныне клуб занимает предпоследнее место в турнирной таблице, набрав всего 6 очков.
Тренирует команду хорошо известный крымским любителям футбола Олег Федорчук. Именно под руководством бывшего наставника «Крымтеплицы» и симферопольской «Таврии» винничане завоевали путевку в первую лигу.