С 1992 года команда участвует в чемпионатах независимой Украины. Из-за тяжелого экономического положения на ПО «Черноморский судостроительный завод» команда была переведена под патронаж Николаевского швейно-торгового предприятия «ЭВИС» и выступала под этим названием до октября 1994 г. Затем был создан спортклуб «Николаев», а еще позже – МФК «Николаев». И ныне команда выступает под этим названием. С января 2009 года у клуба – новые руководители, генеральным спонсором является ООО «Телец-ВАК».


Четыре сезона николаевцы провели в высшей лиге: 116 игр, 26 побед, 23 ничьих, 67 поражений, мячи 100:208, набрано 101 очко. Тринадцатый сезон – в первой лиге. В третий раз за историю МФК «Николаев» выступает во второй лиге чемпионата Украины.
Команда проводит матчи на Центральном городском стадионе (построен в 1965 г., вмещаемость до реконструкции составляла 25 тысяч зрителей), сейчас имеет 5078 мест.
В сезоне 2006/07 и 2007/08 команда выступала в первой лиге и в двух чемпионатах тех годов встретилась с «Крымтеплицей». По итогам первого из них МФК «Николаев» занял 13-ое место из 19-ти, одержав 12 побед, 10 раз сыграв вничью и 12 раз уступив сопернику (разница голов — 33-40). В следующем чемпионате николаевцы заняли более высокое место – 10-ое из 20-ти, при 13-ти победах, стольких же ничьих и 12-ти поражений (разница голов — 33-27).
Но в виду затруднительного финансового положения клуба, команда была вынуждена понизиться в классе, и перешла во вторую лигу группы «А». По итогам сезона 2008/09 МФК «Николаев» расположился на 11-й ступени из 17-ти возможных (разница голов – 28-27), одиннадцать раз победив, столько же проиграв и десять раз поделив очки с соперником.
В нынешнем чемпионате, отыграв уже 9 игр, николаевцы занимают последнее место в турнирной таблице, набрав всего три очка.